Im Gegensatz zu den Welt-Kulturerbestätten ist die Zahl der bestehenden und geplanten Unesco-Weltnaturerbestätten in Deutschland nicht besonders groß.
Zur Zeit gibt es in Deutschland zwei von der Unesco anerkannte Weltnaturerbestätten.
Die Grube Messel wurde im Jahr 1995 in die Welterbeliste aufgenommen. Die Stätte befindet sich in Hessen bei Darmstadt. Sie ist 42 Hektar groß mit einer zusätzlichen Pufferzone von 23 Hektar. Die Grube Messel ist der weltbeste Fundort für Fossilien aus dem Eozän (vor 57 bis 36 Millionen Jahren).
Das Wattenmeer wurde im Jahr 2009 als Weltnaturerbestätte anerkannt. Dies ist eine länderübergreifende Welterbestätte. Die Stätte umfasst in Deutschland die Nationalparke Schleswig-Holsteinisches Wattenmeer und Niedersächsisches Wattenmeer sowie in den Niederlanden das dortige Wattenmeerschutzgebiet. Das Wattenmeer ist eines der größten ungestörten Gebiete weltweit, in denen der Wechsel von Ebbe und Flut noch ungestört ablaufen kann.