Die makaronesische biogeographische Region umfasst auf EU-Gebiet die Inselgruppen der Kanaren, der Madeira-Gruppe, der Ilhas Selvagens sowie der Azoren. Diese Inselgruppen befinden sich auf dem Gebiet von Spanien (Kanaren) sowie Portugal (Madeira-Gruppe, Ilhas Selvagens und Azoren). Zu Makaronesien gehört jedoch auch die nicht auf EU-Gebiet liegende Inselgruppe der Kapverden.
Am 28. Dezember 2001 hat die EU eine erste Liste der Gebiete von gemeinschaftlicher Bedeutung (FFH-Gebiete) für die makaronesische biogeographische Region veröffentlicht. Am 28. Januar 2008 folgt eine zweite, erweiterte Liste. Mit Datum vom 22. Dezember 2009 hat die EU nun eine dritte Liste veröffentlicht.
Der Hintergrund für die Herausgabe weiterer aktualisierter Listen besteht in der Unvollständigkeit der bisher veröffentlichten Listen. Obwohl die EU der Auffassung war, dass die von den einzelnen Mitgliedstaaten gemeldeten Gebiete noch nicht vollständig waren und dem Ziel der FFH-Richtlinie noch nicht vollumfänglich entsprachen, hat sie sich entschlossen, erste Listen zu veröffentlichen. Schon bei der Veröffentlichung der ersten Liste war klar, dass in der Zukunft Aktualisierungen erforderlich werden würden, in Abhängigkeit der Nachmeldungen von Gebieten aus den Mitgliedstaaten. Auch die zweite Aktualisierung der Liste der makaronisischen biogeographischen Region ist gemäß dem Vorwort zu dieser Liste möglicherweise noch nicht vollständig. Somit sind in der Zukunft weitere aktualisierte Listen zu erwarten.
In der jetzt vorliegenden aktualisierten Liste kamen zwei Gebiete im Einflussbereich der Madeira-Gruppe hinzu: Menez Gwen mit 9.489 Hektar und Lucky Strike mit 19.023,5 Hektar. Bei diesen beiden Gebieten handelt es sich um Meeresschutzgebiete. Diese Gebiete beinhalten hydrothermale, unterseeische Vulkanfelder. Die Meldung dieser Gebiete seitens Portugal erfolgte vor dem Hintergrund, dass Meeresschutzgebiete bisher nicht ausreichend in der Schutzgebietsliste berücksichtigt waren.
Insgesamt umfasst die Liste der Gebiete von gemeinschaftlicher Bedeutung in der makaronesischen biogeographischen Region nun 213 Gebiete, davon 177 in Spanien und 36 in Portugal. Das flächengrößte Gebiet ist Franja marina Teno-Rasca, ein teilweise marines Gebiet bei der Kanareninsel Teneriffa mit einer Fläche von 69.500 Hektar. Das größte terrestrische Gebiet ist Corona Forestal mit 41.067,7 Hektar, ebenfalls auf der Insel Teneriffa rund um den Vulkan Teide.
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